Historia parafii
Kościół i klasztor został wybudowany w 1645 r. przez Zofię Pudencjannę Ostrogską. Pierwotnie miały zamieszkać w klasztorze Siostry Bernardynki. Spadkobierca osadził jednak OO. Pijarów. Od 1658 r. rozpoczęto naukę w nowej szkole. I tak przez stulecia złączyły się ze sobą kościół i szkoła. W 1702 r. przebudowano fronton kościoła i dobudowano kaplice św. Filipa Nereusza i św. Jana Nepomucena. Projekt rozbudowy przygotował włoski architekt van Grawen. Około 1758 r. dobudowano kaplicę św. Józefa Kalasantego i obecną zakrystię. Pierwotnie zakrystia mieściła się w salach za prezbiterium kościoła, które obecnie zajmowane są przez liceum na sale lekcyjne.
W 1776 r. nastąpiła kasata zakonu przez władze zaborcze. Majątek 00. Pijarów przepisano na skarb państwa. Również błędnie figurował kościół jako własność państwa. Odtąd kościołem opiekowali się księża diecezjalni – katecheci ze szkoły. Za proboszcza uważał się dyrektor, klucze były u tercjarza. Pod koniec XIX w. skromny remont przeprowadził ks. Stanisław Grynicki, katecheta i późniejszy proboszcz Fary. Około 1930 r. ks. Maurycy Turkowski z ofiar uczniów zakupił w Wiedniu organy firmy Rieger.
W czasie okupacji Niemcy korzystali z kościoła jako z „Wehrmachtskirche”. W czasie bombardowań została zniszczona wieża południowa, odbudowana staraniem ks. kan. Stanisława Kulanowskiego. Częściowo też dach został pokryty starą blachą. W latach 1951-1970 rektorem, a w latach 1970-1998 proboszczem był ks. prałat Walenty Bal. Za jego kadencji przeprowadzono kapitalny remont świątyni.
Szczególnym osiągnięciem było odzyskanie w 1979 r. bocznej kaplicy od strony muzeum. W 1989 r. przepisano kościół na własność parafii rzymsko – katolickiej. Z kościołem Świętego Krzyża przez lata katechizacji związało się bardzo wiele osób. Tutaj jako nauczyciel gimnazjum modlił się św. ks. Stanisław Papczyński – założyciel zgromadzenia Księży Marianów. Jako uczniowie gimnazjum modlili się: św. Józef Sebastian Pelczar bp, bł. ks. Roman Sitko – Męczennik Oświęcimia, bł. ks. Jan Balicki. W dniu 1.10.2011 r. Bp Kazimierz Górny dokona kronacji Obrazu Matki Bożej Szkaplerznej. W 2015 r. Biskup Jan Wątroba wydał dekret ustanawiający Sanktuarium Matki Bożej Szkaplerznej.