Historia parafii
Zofia Tarnowska z domu Mielec w 1593 r. ufundowała modrzewiowy kościół, jako wotum za nawrócenie z arianizmu, dzięki kazaniom ks. Piotra Skargi. Biskup Krakowski Radziwiłł w 1598 r. ustanowił przy kościele w Niwiskach filię parafii Rzochów ze stałym kapłanem mieszkającym w dworze. Już w 1602 r. jest wzmianka o dobrze funkcjonującej szkole przy kościele w Niwiskach. Jest także wzmianka, że w Niwiskach był szpital ubogich przed 1728 r.
Pierwszy kościół drewniany konsekrowany przez bpa Waleriana Lubomirskiego, Biskupa Krakowskiego, w 1619 r. służył ludności całej okolicy do pożaru w 1876 r. Patronem od początku był św. Mikołaj, patron pasterzy i podróżnych i wielki cudotwórca.
W 1880 r. staraniem ks. Józefa Grabowskiego ukończono budowę nowej murowanej świątyni. Konsekracji dokonał bp Ignacy Łobos, Biskup Tarnowski, w 1886 r. Staraniem księży: Fr. Fijasia, Fr. Sikory i Fr. Kuźniarowicza sprawiono ołtarze do kościoła w stylu późno barokowym. Ołtarz główny z wizerunkiem patrona parafii św. Mikołaja a nad nim św. Jana Kantego pochylającego się nad chorym, obok dwie figurki św. Piotra i Pawła. Ołtarze boczne: Matki Bożej Różańcowej z obrazem św. Stanisława Kostki Patrona młodzieży i Matki Bożej Nieustającej Pomocy, Najświętszego Serca Jezusa z obrazem św. Franciszka patrona ekologów i św. Józefa patrona rodzin. W kaplicy bocznej jest ołtarz Matki Bożej Wniebowziętej i Pana Jezusa Ubiczowanego. Na ścianie wisi obraz Pana Jezusa Ukrzyżowanego, który dawniej służył do zasłaniania Patrona w głównym ołtarzu w Wielkim Poście.
Organy ufundował dziedzic Jan Hupka w 1910 r., wykonał je Ruger na Śląsku. Z II wojny światowej uratował się tylko jeden dzwon, pozostałe Niemcy odnaleźli i wywieźli, jest to dzwon średni z krzyżem wykonany w 1923 r. na Śląsku. W 1959 r. staraniem ks. Bronisława Musiała u Felczyńskich w Przemyślu wykonano 2 dzwony: największy o imieniu Matka Boża i najmniejszy o imieniu św. Michał.
Kaplica cmentarna w Niwiskach, nazywana dawniej Kaplicą Grobową Hupków, została wzniesiona w 1874 r. staraniem dziedzica Jana Hupki. Spoczywają w podziemiach tej kaplicy zwłoki całej rodziny Hupków. Kilka razy w roku gromadzą się tu wierni aby modlić się za zmarłych.